股权转让作为创投企业常见的退出方式，其税务处理也是关系到创投企业收益的一个重要内容。近年来，国家税务总局针对企业股权转让的税务处理发布了一系列规范性文件。但是，这些文件并没有很好的解决股权转让收益的纳税问题。
股权转让所得的核心问题，在于我国税法是否应当确认、以及如何确认股权转让所得中的持有收益。股权转让所得与其他财产转让所得最大的不同之处在于它并非单纯的财产处置收益，还可能包含了相当于股息收益的部分，即转让人在持有股权期间基于被投资企业经营活动的利润而应享有的权益增长部分。如果被投资企业将这些新增盈利全部分配给股东，它们就成为股权持有人的股息所得。但是，企业基于法律要求以及经营需要或者现金流不足等原因都不会进行全额分配。未分配的盈余留存于被投资企业，就构成资产负债表中的“盈余公积金”或“未分配利润”。对股权持有人来说，这些保留盈余通常增加了股权的内在的价值并在其处置股权时得以实现，以资本利得的形式表现出来。
股权转让
依照我国企业所得税法的规定，股息性所得与财产转让所得的纳税标准是不同的。股息性所得作为投资方从被投资方获得的属于已征收过企业所得税的税后利润，应对这部分所得实行税收抵免，仅就差额税率部分补交所得税；然而，财产转让所得需要全部并入企业的应税所得额，依法缴纳企业所得税。对于股权转让所得而言，这就相当于股权转让所得中内含的股息部分承担了双重税赋。对此，国家的政策也在不断地变化中，国家税务总局在1997-98年间实行的政策是区别股权转让所得中的“持有收益”与“处置收益”，将“持有收益”作为股息性所得看待，免予纳税。然而，2000年以后，国家税务总局改变了以往的做法，在其发布的《股权投资通知》中，不再区分“持有收益”与“处置收益”，而是将整个股权转让收益视为资本利得，其规定如下：“企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。”《股权投资通知》并没有界定股权转让的概念，也没有明确自己的适用范围，只是在通知的最后有一条：“此前规定与本通知规定不一致的，按本通知规定执行”。为了更加强化处置收益的概念，国家税务总局2004年3月发布了《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号），相关规定如下：“一、企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。二、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》（国税发〔1998〕97号）的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得”。
股权转让所得税
从上述种种规定来看，国家对于创投企业的股权转让收入采用较为严厉的税收解决方案：因为创投企业的投资大部分都为比例较小的财务性投资，并不符合“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得”的95%持股标准。2007年2月，国家税务总局、财政部联合下发了《关于促进创业投资企业发展有关税收政策的通知》《财税（2007）》31号。当中规定：“创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市中小高新技术企业2年以上(含2 年)，凡符合规定条件的，可按其对中小高新技术企业投资额的70%抵扣该创业投资企业的应纳税所得额”。但该规定对创投企业自身以及被投资企业的条件要求都非常严格，要想真正取得优惠将非常不容易。
因此，创投企业要想真正合理地降低税赋，必须在实务操作中进行税收筹划。尽可能把握股权转让的时机选择，选择在利润分配完成后再进行股权转让。具体来说，如果税法不区分“持有收益”与“处置收益”，而是要求将股权转让价与成本价的差额全部作为应税所得，则股权持有人将倾向于在被投资企业将留存收益全部分配之后进行股权转让，从而最大限度地利用股息免税的好处。
股权退出
然而，对于创投企业来讲，要求被投企业全额分红的提议也往往并不能得到实施，毕竟分不分红要看公司的实际情况而非股东收益最大化。因此重复纳税问题的真正解决还有待国家相关政策的出台。当前许多国家和地区都对专业的创投企业给予税收减免或优惠。如印度对长期资本利得全部享受免税待遇且红利收入全部免税。以色列2001年起对进入本国的创投企业转让股权获得的资本利得税实现豁免。
所得税的相关政策对于整个创投行业有着举足轻重的影响，而直接的结果就是风险投资领域的资金投入。1975年美国的创投规模只有0.01亿美元，这源于1969年美国曾将资本利得税率提高到49%；1978年美国政府又将税率下调至28%，同年美国的创业投资额就增至了5.7亿美元。因此，在尽可能的情况下，采取合理的税收政策会对国内的创投企业有着很大的促进作用。